Το νέο εκπαιδευτικό πρόγραμμα με τίτλο «Στα νεολιθικά πατήματα…» απευθύνεται σε μαθητές Β΄ και Γ΄ τάξης του Δημοτικού και στοχεύει στη γνωριμία των παιδιών με τον νεολιθικό πολιτισμό. Σκοπός του προγράμματος είναι να εξοικειωθούν τα παιδιά με τη νεολιθική οικιστική αρχιτεκτονική και να αντλήσουν πληροφορίες για την καθημερινή ζωή και τις συνήθειες των προϊστορικών ανθρώπων. Για την επίτευξη των στόχων αυτών αξιοποιούνται η παρατήρηση, η διαλογική και βιωματική προσέγγιση, το παιχνίδι ρόλων και η ανάπτυξη των δημιουργικών ικανοτήτων των παιδιών.
Ειδικότερα, με τη βοήθεια εκπαιδευτικού φυλλαδίου τα παιδιά πραγματοποιούν έρευνα στον εκθεσιακό χώρο του Μουσείου για την εύρεση αγγείων, εργαλείων, ειδωλίων και κοσμημάτων της νεολιθικής εποχής. Άλλα μέσα που χρησιμοποιούνται είναι: εποπτικό υλικό, απτική επαφή με αντίγραφα νεολιθικών αντικειμένων, προβολή Power Point και η αναπαράσταση μιας ανασκαφικής έρευνας με νεολιθικά ευρήματα. Μέσα από τη σύγκριση με το σήμερα τα παιδιά διαπιστώνουν τη διαχρονικότητα των βασικών αναγκών του ανθρώπου.
Τέλος, το πρόγραμμα περιλαμβάνει εργαστήρι κατασκευής μιας νεολιθικής οικίας στην αίθουσα των εκπαιδευτικών προγραμμάτων. Τα παιδιά εμπνεόμενα από τα εκθέματα του Μουσείου αναπτύσσουν τις δημιουργικές τους ικανότητες και κατασκευάζουν με απλά υλικά μια νεολιθική οικία με τον απαραίτητο εξοπλισμό της. Το συλλογικό έργο που θα δημιουργήσουν, θα το πάρουν μαζί τους στο σχολείο ως αναμνηστικό δώρο.