Η Αίθουσα της Θήρας ελκύει τον επισκέπτη κυρίως με τις περίφημες τοιχογραφίες, αυτή της Άνοιξης με τα χελιδόνια και τα κρίνα, των νεαρών πυγμάχων και των αντιλοπών. Οι εξαίρετες πρόχοι με τις εικονιστικές παραστάσεις των λιονταριών, των δελφινιών και των πτηνών εμπνέονται επίσης τα θέματα τους από τη μεγάλη ζωγραφική. Η ηφαιστειακή καταστροφή του οικισμού διέσωσε στην αιωνιότητα μοναδικά τεκμήρια, όπως τα «αποτυπώματα» της ξύλινης κλίνης, όπου διακρίνονται στο γύψινο εκμαγείο ακόμη και τα ίχνη των σχοινιών που στερέωναν το στρώμα. Οι ενεπίγραφοι αμφορείς με σημεία της Μινωικής Γραμμικής Α γραφής και τα μολύβδινα βάρη που ακολουθούν το μετρικό σύστημα της μινωικής Κρήτης, προσφέρουν στοιχεία μεταξύ άλλων για τις εμπορικές επαφές αλλά και την διοικητική οργάνωση του οικισμού ενώ οι πήλινες τριποδικές χύτρες ή η βάση πήλινου αγγείου με σαλιγκάρια στο εσωτερικό προσφέρουν μία κλεφτή ματιά στην κουζίνα της Θηραίας γυναίκας.

Επίλεκτα έργα από τις Μυκηναϊκή Ελλάδα, τα ανάκτορο της Κνωσού και τη Φυλακωπή Μήλου παρουσιάζουν συνοπτικά τον ευρύτερο κόσμο του Αιγαίου στον οποίο η Θήρα κατείχε εξέχουσα θέση πριν από την έκρηξη του ηφαιστείου.